愛沙尼亞稅收體系主要由二部分組成，一是國家稅，二是地方稅。國家稅主要包括所得稅、社會稅、土地稅、博彩稅、增值稅、關稅、消費稅、重載汽車稅等；地方稅主要包括銷售稅、船稅、廣告稅、機動車稅、家用寵物稅、娛樂稅、停車費等。愛沙尼亞不征收贈予稅、繼承稅、房產稅，各類交易根據國家收費標準征收印花稅。
主要稅賦和稅率
所得稅、增值稅、社會稅、失業保險稅、消費稅、賭博稅、土地稅等。
所得稅
在愛沙尼亞居住的人在世界任何地方的收入都要交納所得稅，從2008年起所得稅稅率為21%。在愛沙尼亞居住的人，是指在愛有永久住所或一年中在愛停留超過183天的人。在國外居住的愛沙尼亞人付稅可以暫時賒欠。源自愛沙尼亞收入的非愛沙尼亞居民要在愛納稅。從2000年1月1日起，本地公司和外國公司（包括分支機構）要交納所得稅。
增值稅
增值稅注冊人要對所提供的貨物或服務支付增值稅。增值稅可以返還給在愛注冊的經濟實體；在某種情況下也可以返還給在愛沙尼亞設有永久性公司的外國合法實體。增值稅征收稅率為18%（某些貨物和服務是0%稅率或5%稅率）。出口稅率為零。
臨時進口貨物不征收進口增值稅，但這些貨物須在加工后按期從愛沙尼亞出口。
社會稅
在愛沙尼亞注冊的公司雇主（包括外國實體的永久性公司），除了法律規定的特殊免稅以外，只要有員工，就要交納支付給雇員工資總額33%的社會稅（20%的社會保障和13%的醫療保險）。個人以經營者的身份在稅收當局注冊也須繳納社會稅。
失業保險稅
從2006年1月1日起，失業保險率為0.9%。其中雇主為雇員交納其工資額的0.3%，0.6%由雇員自己交納。
土地稅
根據規定，土地所有者有義務交納土地稅（非征稅土地要有特殊免稅證明）。每年的土地稅率按土地評估值從0.1%到2.5%不等。當地政府委員會有權制定土地稅率。
國內消費稅
主要針對煙草、含酒精飲料、汽車燃油等。法人每次報關的海關手續費為國家固定收費標準100克朗。
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